病院や医療施設における感染対策は、厚生労働省が作成した感染対策ガイドライン標準予防策をもとに進められています。
院内の感染経路のうち重要なのは、空気、飛沫、接触によるもので感染経路別に経路遮断対策が立てられています。
空気感染する疾患としては、結核、麻疹、水痘が挙げられ、空調施設のある個室の遮断と、医療者のマスクの活用が対策の基本となります。
飛沫感染する疾患にはインフルエンザ、マイコプラズマ、風疹、おたふくかぜ、百日咳などが挙げられ、対策はマスクの活用や個室の遮断が推奨されます。
接触感染する疾患にはRSウイルス、ノロウイルス、ロタウイルス、MRSA、大腸菌O157、疥癬（かいせん）などがあり、医療者の手袋やプラスティックエプロンの着用、医療器具の専用化が求められます。
医療施設では、入院時に次のような同意書を配布することがあります。
例「当院ではできる限り、感染予防対策を行っていますが、2次感染の予防や治療のためにすでに入院中の患者さんであっても検査・投薬・転床・退院など、必要な措置をお願いする場合があります」
さらに、水痘やインフルエンザなど個別疾患の予防薬投与時に、予防の必要性を説いて、院内感染予防の次のような同意書をお願いしています。
例「患者さんが感染症を発病する可能性があります。発症予防のため、抗ウイルス薬等を投与させていただくことがあります」