治療の流れについて、厚生労働科学研究の研究班と日本睡眠学会が作成したアルゴリズムに従って述べる。先に述べた診断の検討を行った後に、不眠の特徴に加えて、日中のQOL障害があることを確認する。日中のQOLの低下が明らかである場合は睡眠衛生指導（生活指導）に加えて睡眠薬治療を行う。QOL低下が著しくない軽症の場合や生活習慣の変化がきっかけとなっている場合には睡眠衛生指導のみで経過を診ることも必要である。睡眠薬投与に当たっては、睡眠薬長期服用に陥りやすいハイリスク群であるかを事前に評価し、睡眠衛生指導を行いつつ、ベンゾジアゼピン受容体作動薬（ベンゾジアゼピン系、非ベンゾジアゼピン系）、メラトニン受容体作動薬、オレキシン受容体拮抗薬など、可能な限り単剤で対処する。不眠症の治療が奏効しない場合、診断や治療抵抗を生じる要因について再評価を行う。治療のゴールに達した場合には、適切な方法で睡眠薬の減薬・休薬を試みる。