一般臨床において鑑別すべき疾患は、慢性気管支炎、気管支拡張症、線毛不動症候群、閉塞性細気管支炎、濾胞性細気管支炎などが挙げられる。病理組織学的検査は本症の鑑別診断上有用とされている。さらに、副鼻腔気管支症候群に含まれるまれな疾患を、以上に列記する。
参考文献：
- Greenberg SD, Ainsworth JZ: Comparative morphology of chronic bronchitis and chronic sinusitis, with discussion of "Sinobronchial" syndrome. South Med J. 1966; 59(1): 64-74.
