咽頭からの淋菌とクラミジアの検査には、核酸増幅法のSDA(strand displacement amplification:鎖置換増幅)法のBD プローブテック ET CT/GC(日本ベクトン・ディッキンソン、以下SDA)、TMA(transcription-mediated amplification:転写介在増幅)法のアプティマコンボ2(富士レビオ、以下TMA)、TaqMan PCR法(コバス4800システム CT/NG、ロシュ・ダイアグノスティックス、以下TaqMan PCR)の3検査のいずれかを用いる。
SDA、TMAは尿道用スワブキットまたは子宮頸管用スワブキットを用いて咽頭からスワブを、TaqMan PCRは尿・うがい液採取キットを用いてうがい液を採取して検体として検査へ提出する。
3検査とも、1つの検体から淋菌とクラミジア同時検出も、淋菌またはクラミジアのみの検出でも可能である。淋菌か、クラミジアか、問診や臨床所見から区別することは難しく、咽頭の淋菌またはクラミジア感染症が疑われる場合は淋菌とクラミジアの両方をセットで同時に検査することが推奨される。