咽頭スワブは尿道用スワブキットまたは子宮頸管用スワブキットを用いて咽頭を擦過をして検査へ提出する。うがい液は、生理食塩水15 mL前後を口に含み、顔を上に向けて勢いよくガラガラうがいを20秒ほどさせたものを清潔な容器へはき出させた後に、尿・うがい液採取キットへ必要量を移して提出する。
SDA、TaqMan PCR、TRCは、淋菌とクラミジア同時検出も、淋菌またはクラミジアのみの単独検出も可能である。TMAは淋菌とクラミジア同時検出のみ可能である。しかし、診断時の検査として用いる場合は、淋菌か、クラミジアか、問診や臨床所見からの判別は難しく、咽頭の淋菌またはクラミジア感染症が疑われる場合は、淋菌とクラミジアの両方をセットで同時に検査することを推奨する。